Bioinformatica avanzato
Scuola di bioinformatica
Bioinformatica avanzato
27-28 settembre 2010
Responsabile Scientifico: Ferdinando Di Cunto, Dip. Genetica, Biologia e Biochimica, Università di Torino
Sede: Molecular Biotechnology Center, Università di Torino
LIVELLO AVANZATO
Lingue del corso italiano/inglese,
materiale del corso in lingua inglese
MODULO 3
Bioinformatica avanzato
Docenti
Prof. Ferdinando Di Cunto, Prof. Mauro Fasano,
Dr. Christian Damasco, Dr. Ugo Ala
SEDE 1
Molecular Biotecnology Center, Università di Torino
via Nizza 52, Torino
DURATA
2 giorni
QUOTA DI ISCRIZIONE
€ 120.00 + IVA 20% (totale € 144,00)
Prerequisiti
Conoscenze di fisica e chimica e biologia molecolare
a livello universitario.
Conoscenza del significato dei principali database biologici.
Il sequenziamento del genoma umano, con tutti i relativi sviluppi tecnologici, ha determinato una svolta epocale nella ricerca biologica. Infatti, nel giro di pochissimi anni si è passati da una condizione in cui era fondamentale l’acquisizione di conoscenze sulla struttura e la funzione dei singoli geni e dei loro prodotti ad una situazione in cui questo tipo di informazione non è più considerato limitante.
Le principali banche dati pubbliche contengono oggi una enorme quantità di informazioni sulla struttura e la funzione dei geni di moltissimi organismi. I principali programmi bioinformatici rappresentano uno strumento fondamentale per poter utilizzare efficientemente queste informazioni a fini di ricerca. Questo corso è dedicato soprattutto a coloro che, per scopi di ricerca, debbano utilizzare strumenti di tipo bioinformatico. Il corso si propone di fornire i principi teorici fondamentali per capire il funzionamento dei principali algoritmi, e per poterne sfruttare tutte le potenzialità. Inoltre verrà dato ampio spazio ad esercitazioni pratiche su casi reali. I partecipanti sono incoraggiati a proporre sequenze di loro interesse.
ARGOMENTI
- Valutazione della similitudine tra due sequenze mediante Dot Plot
- Allineamento globale e locale di coppie di sequenze
- Principi di funzionamento del programma BLAST
- Modifica dei principali parametri di BLAST per un utilizzo avanzato
- matrici di similitudine posizione-specifica (PSSM)
- PSI-BLAST come strumento per la ricerca di omologia
- Esercitazioni: definizione di PSSM per una famiglia di proteine
- Allineamento multiplo: CLUSTALW
- Modellizzazione di allineamenti multipli: famiglie di domini conservati
- Predizione di strutture geniche in sequenze genomiche: GeneScan
- Integrazione tra metodi di allineamento e metodi predittivi nella definizione delle strutture geniche
- Correlazione sequenza struttura
- Determinazione sperimentale della struttura proteica. Diffrazione raggi x, NMR
- Analisi ed interrogazione del Protein Data Bank
- Metodi predittivi
- Metodi comparativi (per omologia)
- Threading/Fold recognition
- Metodi ab initio
- Validazione del modello
Modalità di partecipazione
I moduli DI TUTTI I LIVELLI non hanno propedeuticità, possono essere frequentati in numero variabile a seconda degli interessi e delle necessità di aggiornamento di ciascuno.Non è prevista selezione, ma per facilitare l’autovalutazione del livello di ingresso da parte dei partecipanti ad ogni modulo sono associati i requisiti minimi consigliati per una partecipazione efficace. I moduli in presenza sono a numero chiuso, i posti disponibili 30 e vengono assegnati in ordine di iscrizione. Quanti fossero in lista di attesa avranno precedenza sulla partecipazione all’edizione successiva del modulo prescelto, ma ovviamente nessun obbligo. I moduli non vengono attivati per un numero di iscritti inferiore ai 10. Ogni modulo teorico è affiancato da esercitazioni pratiche. L’orario delle lezioni previsto per tutti i moduli in presenza è 10.00-17.00, ma la durata di ciascun modulo varia. Costi di iscrizione e durata sono indicati alla fine del programma di ciascun modulo.
NB. Le date possono subire lievi modifiche in base alla disponibilità dei docenti
Per iscriversi, spedire on-line la registration form
Il costo di iscrizione comprende la partecipazione alle lezioni, il materiale didattico e l’attestato di partecipazione
Modalità di pagamentoLa quota deve essere versata, dopo aver ricevuto messaggio di conferma da parte della segreteria organizzativa, tramite bonifico bancario o carta di credito online.
1 Bonifico bancario
Fondazione per le Biotecnologie
BANCA PROSSIMA
Filiale 500 Milano
c/c 1000 10943
IBAN IT93S0335901600100000010943
BIC BCITITMX
Causale del versamento: cognome del partecipante e nome del modulo
2 Carta di credito
Vitto, alloggio e trasporti
La segreteria organizzativa provvederà ad inviare un elenco degli hotel consigliati nella zona della sede dei corsi, che è centrale, ben servita con i mezzi pubblici e comoda dalla stazione ferroviaria Porta Nuova di Torino.
Per informazioni siete invitati a contattare la
segreteria organizzativa
Elisabetta Lombardini
Fondazione per le Biotecnologie
Villa Gualino
Viale Settimio Severo 63
10133 – TORINO
tel. 011 6600187
fax. 011 6600708
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